Sfruttare la genomica funzionale per rivelare nuovi bersagli per il trattamento del cancro

Risultato atteso:

Le proposte nell'ambito di questo argomento dovrebbero mirare a fornire risultati diretti e personalizzati e a contribuire a tutti i seguenti risultati attesi:

• Ricercatori e professionisti della salute acquisiscono una comprensione più profonda degli effetti funzionali dell'eterogeneità tumorale durante l'inizio e la progressione del cancro, supportando l'identificazione di bersagli terapeutici più precisi e innovativi.
• Ricercatori, professionisti della salute e innovatori beneficiano di conoscenze e strumenti migliorati per supportare la scoperta e lo sviluppo di trattamenti antitumorali di prossima generazione basati sulla genomica.
• Ricercatori, innovatori e professionisti di diverse discipline e settori contribuiscono alla piattaforma di dati di ricerca UNCAN.eu garantendo l'interoperabilità dei dati e consentendo un accesso sostenibile a strumenti e modelli digitali di nuova concezione per l'analisi e la gestione di dati clinici multimodali.

Ambito:

L'argomento proposto contribuirà all'obiettivo della Missione UE contro il cancro di migliorare la comprensione dell'inizio e della progressione del cancro. Di particolare interesse per questo argomento sono i tumori pediatrici e adolescenziali^[1], i tumori con opzioni di trattamento limitate, i tumori refrattari, i tumori rari o i tipi di cancro con bassi tassi di sopravvivenza a cinque anni. Le proposte possono includere la progettazione di studi meccanicistici esplorativi utilizzando bio-campioni longitudinali di pazienti, studi clinici di prova di concetto e/o studi osservazionali e traslazionali che coinvolgono dati di nuova raccolta o esistenti, a seconda dei casi. I candidati sono incoraggiati a sfruttare i progressi tecnologici nella genomica funzionale^[2] e nella biologia strutturale, inclusi, ma non limitati a, sequenziamento genico rapido, studi su singole cellule, mappatura genica spaziale, trascrittomica spaziale, profilazione epigenetica, biopsie liquide e pipeline di oncologia di precisione funzionale. L'uso di inferenza causale, modellazione computazionale e/o strumenti di intelligenza artificiale è incoraggiato per la raccolta, la visualizzazione, l'analisi e la gestione di set di dati ampi, complessi ed eterogenei. È prevista la collaborazione tra diverse discipline scientifiche, inclusi i professionisti sanitari^[3].

I candidati dovrebbero affrontare tutte le seguenti attività:

• Identificare e validare nuovi bersagli per approcci terapeutici innovativi, sviluppando modelli sperimentali^[4] e tecnologie per accedere agli effetti funzionali dell'eterogeneità temporale del tumore sull'inizio, la progressione e la recidiva della malattia.
• Indagare i meccanismi alla base dell'interazione tra le caratteristiche multi-omiche dinamiche del tumore, il suo microambiente e i fattori specifici del paziente^[5] durante l'inizio e la progressione della malattia. Ciò include l'elucidazione dei meccanismi di resistenza adattativa alle terapie, utilizzando dati clinici ove appropriato^[6].
• Applicare approcci, strumenti e modelli all'avanguardia per integrare e analizzare dati longitudinali multimodali FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) dei pazienti. Questi asset digitali dovrebbero essere resi disponibili tramite la piattaforma di ricerca UNCAN.eu. Tutti i set di dati prodotti dovrebbero essere descritti con record di metadati nel catalogo dei set di dati dell'UE dello Spazio europeo dei dati sanitari. Il coinvolgimento delle infrastrutture di ricerca ESFRI esistenti che offrono risorse per le scienze della vita^[7], comprese le opzioni di biobanking, dovrebbe essere adeguatamente riflesso nel piano di lavoro della proposta.

Si dovrebbe trarre vantaggio, per quanto possibile, dai dati e dall'esperienza acquisiti nell'ambito di attuali iniziative su larga scala come: l'iniziativa europea 1M+ Genomes^[8] e l'iniziativa europea Cancer Imaging^[9] e altre, a seconda dei casi. Le proposte selezionate dovrebbero stabilire collaborazioni appropriate con il progetto UNCAN-CONNECT che sta implementando la piattaforma di ricerca UNCAN.eu^[10]…